Se ha reportado durante varios años la entrada ilegal en el área protegida conocida como "Las Dunas de Baní", así como el uso indebido de la zona de amortiguamiento asociada a la misma.
En el año 2019, durante el gobierno anterior, se denunciaron invasiones y construcciones de viviendas y cercas dentro del área protegida, a pesar de las afirmaciones del entonces Ministro de Medio Ambiente, Ángel Estévez, quien minimizaba el problema argumentando que las construcciones estaban dentro de la zona de amortiguamiento. Esto fue desmentido por grupos ambientales que demostraron daños dentro de los límites del monumento natural. Aunque algunas empalizadas fueron retiradas por las autoridades, muchas construcciones permanecen en el área, como lo evidenció Diario Libre en 2020.
El área protegida fue establecida mediante el decreto presidencial 233-96 y se incluyó en el Sistema Nacional de Áreas Protegidas según la Ley General de Medio Ambiente y Recursos Naturales 64-00. Sin embargo, fue reclasificada por la Ley Sectorial de Áreas Protegidas 202-04, que creó el área protegida Dunas de Las Calderas, clasificada como Monumento Natural.
En el año 2022 se denunció la extracción de arena dentro del área protegida, y en diciembre de ese mismo año se acusó a la directora provincial de Medio Ambiente en Peravia de otorgar un permiso de desmonte en la zona de amortiguamiento, acción que fue realizada sin los debidos permisos ambientales.
Recientemente, se ha denunciado la tala de árboles dentro del área protegida por Etervino Vizcaíno Guerrero, quien posee un título de propiedad emitido por el Instituto Agrario Dominicano pero no cuenta con permisos para cortar árboles en una zona protegida.
La zona de amortiguamiento, de acuerdo con la ley sectorial de Áreas Protegidas 20-04, son áreas adyacentes a las áreas protegidas sujetas a normativas específicas para contribuir a su conservación. Estas zonas están diseñadas para mitigar los impactos negativos de actividades humanas externas.
En el 2018 se emitió la Resolución 0010-2018, estableciendo normativas para el manejo de las zonas de amortiguamiento de las áreas protegidas, indicando los usos permitidos conforme al Plan de Manejo correspondiente.
Se ha trabajado en una actualización de esta resolución para adecuarla a las necesidades actuales, sin embargo, dicha actualización aún no ha sido emitida.
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