En el segundo viaje de Colón a la isla Española en 1493, patrocinado por los monarcas Isabel y Fernando, se planificó cuidadosamente y viajaron alrededor de 1500 personas, llevando varios animales desconocidos en esa región caribeña como cerdos, cabras, caballos y vacas, entre otros. Solo se embarcaron veinte caballos, uno de ellos propiedad del Almirante. Para los taínos, esta introducción de animales y plantas fue devastadora, ya que los españoles establecieron una colonia permanente en la isla. Según el historiador Alfred W. Crosby Jr., los caballos no se adaptaron bien al clima tropical y su reproducción fue lenta, aunque fueron muy útiles para el transporte.
Al llegar al Fuerte de Navidad en su segundo viaje, los españoles lo encontraron destruido y apresaron a Guacanagarix, cacique de Marién. Este fue interrogado y culpó a Caonabo por la destrucción. Caonabo persistía en atacar a los españoles en la fortaleza de Santo Tomás. Hernando Colón reveló que los taínos temían a los caballos, considerándolos una amenaza. Los caballos se convirtieron en un arma militar efectiva y un instrumento disuasorio psicológico.
La necesidad de mantener los caballos en la isla Española fue tan crucial que, cuando los jinetes regresaron a España, Colón les quitó los caballos, lo que generó una queja ante los reyes. Alegando que los necesitaba para el servicio real, Colón retuvo los caballos y los monarcas terminaron pagándolos como si estuvieran muertos. Aunque el Almirante quedó impune, Isabel y Fernando limitaron sus privilegios debido a este incidente.
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